La fondation de la paroisse de Rupt remonte probablement au 7ème siècle après l'établissement d'un monastère au Saint-Mont. A cette époque une chapelle fut édifiée à l'emplacement de l'église actuelle sous le nom de "
Parrochaige de Saint-Estène de Longchamp".
C'est en 1738 que fut construite la première église de Rupt. Elle fut agrandie en 1846 : le chœur et la nef furent démolis mais le clocher et sa base ont été conservés.
Le nouvel édifice, de style néo-gothique et beaucoup plus vaste, fut consacré le 29 août 1864 par Monseigneur Caverot, Évêque, en présence du Baron de la Guéromière, Préfet des Vosges.
Les nombreuses sculptures qui se trouvent sur les piliers (plus de 200) ont été réalisées par un jeune sculpteur ruppéen : Jean-Baptiste Rouillon.
Après cet agrandissement l'orgue existant fut considéré comme trop petit. Un nouvel orgue, élaboré par Charles Didier, fut inauguré le 5 août 1877 par Charles Caspar, organiste de l'église Saint-Jacques de Lunéville. Tombé en panne et devenu muet à la fin des années 60, entièrement démonté en 1980, il fut réinstallé en décembre 1997 par l'entreprise Aubertin de Courfontaine (Jura), après restauration.
Outre ce bel instrument, on peut aussi admirer dans l'église 2 remarquables statues en pierre, classées au titre des monuments historiques :